Este lugar ha sido escenario de uno de los episodios más heróicos de la Independencia Mexicana.
El bello edificio de la Alhóndiga de Granaditas fue pensado originalmente para ser un granero de compra y venta de trigo y maíz, a finales del siglo XVIII. Pero a menos de un año del término de su construcción, pasó a ser uno de los primeros y más importantes escenarios de la Independencia de México: en 1810 fue tomado por los españoles que buscaban refugio de las fuerzas insurgentes del cura Hidalgo y de Ignacio Allende. Después de las batallas, el edificio se convirtió en cuartel militar y más adelante también en una prisión, época de la que data la fotografía de «ayer», tomada en 1906. En 1949 la prisión fue clausurada, y al año siguiente, el viejo granero logró por primera vez presumir de su belleza, como el Museo Regional de Guanajuato, ideado por el INAH.
Actualmente, dos pisos albergan 14 salas de exposiciones temporales y permanentes. Con motivo de los 200 años de la Independencia, las instalaciones hoy se encuentran renovadas. En las escaleras adornan los murales de José Chávez Morado, que ilustran la era colonial y la lucha por la Independencia.
Importante escenario de batallas épicas, hoy el museo conserva aún las estacas en donde las cabezas de Hidalgo, Allende, Aldama y Jiménez fueron clavadas para aleccionar a los rebeldes en la época de la Independencia. En fechas conmemorativas, los habitantes de Guanajuato escenifican los combates entre españoles e insurgentes que ocurrieron hace 200 años en la Alhóndiga en las calles, con músicos, y bailes típicos.